ماموستا سیدمحمّد مصطفایی در ٦اسفندماه ١٣١٤ در روستای خانقاه پاوه چشم به جهان گشود. 

چون پدر و مادرش اهل دینداری و انجام عبادات بودند، از همان دوران کودکی به دنبال درس و عبادت بود. مادرش  ایشان را به کلاس قرآن و علوم دینی و مدرسه فرستاد؛ به‌واسطه‌ی علاقه‌مندی فراوانی که به علوم دینی و و قرآنی همکلاسیها و معلمانش داشت، به ایشان لقبِ «خلیفه محمّد» را داده بودند.

پس از اتمام دوران ابتدایی به دعوت شیخ محمدسعید و ماموستا شیخ عطا به سه رده پاوه می‌رود و در آنجا به‌عنوان طلبه و شاگرد مشغول به تحصیل می‌شود. بعد از مدتی تحصیل در آنجا، برای تکمیل تحصیلات خود به طرف سنندج و حومه‌ی آن که محل تحصیل طلاب علوم دینی بود می‌رود. سپس به حلبچه و ابابیله و سایر مراکز علمی اقلیم کردستان برای اتمام تحصیلات خود هجرت می‌نماید. پس از طی دورانی طلبگی، دوباره به پاوه باز می‌گردد و در کلاس علامه ملا زاهد ضیائی و ماموستا کاکه ملا انصاری، دوران پایانی طلبگی را سپری می‌نماید و از دست کاکه ملا اجازه‌ی ارشاد و وعظ دریافت می‌نماید. 

پس از دریافت اجازه‌ی افتا و تدریس، دوباره به زادگاهش خانقاه بر می‌گردد و در آن‌جا به‌عنوان امام جماعت مشغول می گردد. پس از مرحوم ماموستا سیدباقی ناصری که سردفتری را به عهده داشت به ایشان محول می‌نماید و ایشان هم همان سردفتری را به زادگاهش منتقل نموده و در خدمت مردم روستا بوده است. ایشان مرجع حلّ و فصل مشکلات مردم شده و امور ارث، بیع و تقسیم املاک و... را رفع و رجوع می‌کرده و به همین علّت به »ماموستا قاضی« هم مشهور می‌گردد.

ایشان از همان اوان جوانی در ٢٤ سالگی اقدام به تربیت شاگرد و طلبه و حجره‌داری و کلاسداری کرد تا این‌که نزدیک اوایل انقلاب ١٣٥٧، امام جمعه‌ی سابق روستای خانقاه مرحوم حاج شیخ نجیب اشرافی که از مشایخ تکیه نیز بودند و پا به سن گذاشته بودند، امامت جمعه را به ایشان واگذار می‌نماید. از آن تاریخ تا ده سال پیش(١٣٨٩) که دچار کسالت جسمانی شده بود، عهده‌دار این مسؤولیت خطیر نیز بودند.

ایشان بنیانگزار مسجدی دیگر در زادگاهش به نام «مسجد النّبی« بود که به یاری خدا آن را هم به سرانجام رساند و در کنار این مسجد هم اقدام به تأسیس کلاس حجره و تربیت شاگرد نمود.

ماموستا قاضی تقریباً نزدیک شصت سال در خدمت مردم (خطابه، قضاوت، حلّ اختلاف، حجره و کلاس تفسیر) بوده است.

تا اینکه در ده سال اخیر زندگی‌اش که دچار ناراحتی جسمانی شد، برای سهولت دستیابی به دارو و مراکز خدمات پزشکی، مجبور به مهاجرت به کرمانشاه شد؛ با این حال در  کرمانشاه نیز هیچگاه کلاس تفسیرش تعطیل نبوده است و تا زمان شیوع کرونا این کلاسها همچنان ادامه داشت.

ایشان به شهادت دوستان، به‌عنوان عالمی مستقل همیشه مصلحت دین را به سایر مصالح ارجحیت می‌داد و وابسته به هیچ جماعت و گروه دینی نبوده است و همیشه با همه‌ی آن‌ها در ارتباط بوده و توصیه می‌نمود که هدفتان فقط دین باشد. وی به همه توصیه می‌نمود که با هم متحد باشند.